Suite aux dernières révélations parues dans le magazine japonais CoroCoro, The Pokémon Company a alors mis à jour le site web dédié au jeu Pokémon Méga Donjon Mystère avec l'ajout d'une flopée de nouvelles informations. Comme il a été vu dans le trailer, il existe plusieurs autres villages éparpillés dans de nombreux continents et qui serviront de base. Sur le continent Eau par exemple, il y a le Village Doux ("Gentle Town") et le Village Waiwai ("Waiwai Town"). Les joueurs pourront voyager entre ces villages en naviguant sur les flots sur le dos du Pokémon Lokhlass.
Les Pokémon qui s'occuperont des boutiques dans les villages ont aussi été dévoilés. Brutalibré tiendra une boutique où il vous sera possible d'enseigner des attaques à vos Pokémon et même changer leur talent. Kangourex sera en charge d'un Café Pokémon et vous offrira des cadeaux pour vous remercier à chaque fois que vous aidez des Pokémon. Le Pokémon Trousselin vous ouvrira les coffres aux trésors et aussi les portes de l'infini. Quant à Tutankafer, il se chargera d'acheter l'or que vous aurez trouvé dans les donjons. Miaouss possède un théâtre spécial où vous pourrez explorer des donjons avec des règles spécifiques. Ces donjons sont plutôt difficiles à finir mais si vous y arrivez, votre parcours sera enregitré et la vidéo pourra être publiée sur le web.