Lugia :
Lugia fait partie des Pokémon qui sont apparus dans l'animé bien avant la génération auxquelles ils appartiennent vraiment. En effet, bien que ce Pokémon légendaire fasse partie de la deuxième génération, il est la star du deuxième film Pokémon « Le pouvoir est en toi », film appartenant à la première génération. Il essaiera dans ce long métrage d'échapper au collectionneur de Pokémon Gelardan et réussira entre autre à mettre fin à la confrontation entre les Pokémon légendaires Sulfura, Artikodin et Electhor.
Il apparait également dans l'introduction de plusieurs films Pokémon à savoir le sixième, neuvième, dixième, onzième, douzième et treizième film.
Dans l'épisode « Autour du tourbillon » de la saison 5, on peut voir l'ombre de Lugia qui apparait sur la mer et qui sauve Sacha, Pierre et Ondine. Aussi, une mère Lugia et son bébé apparaissent dans trois épisodes de suite de la saison 5 à partir de l'épisode 220 intitulé « Double jeu ». Ce qui fait la particularité de ces épisodes est que Lugia est représenté ayant les traits d'un bébé Pokémon mais une autre anomalie est notée aussi vu que Lugia est supposé être un Pokémon asexué.
Une brève apparition de Lugia est également notée dans le rêve de Jessie durant l'épisode « Qui vole un œuf… vole un bœuf » de la douxième saison.
Ho-Oh :
Ho-Oh dans l'animé est également un Pokémon en avance par rapport à la génération à laquelle il appartient. Il apparait plusieurs fois dans la série animé Pokémon mais il n'est à l'affiche d'aucun film Pokémon.
C'est sans doute le premier Pokémon légendaire à apparaitre dans l'animé. Dans le tout premier épisode, Sacha aperçoit un oiseau volant doré. Il s'agissait en effet de Ho-Oh. On suppose qu'il possédait cette couleur-ci à l'époque parce que sa couleur définitive n'a pas encore été choisie.
Dans l'épisode : « L'ennemi intérieur » de la saison 9, Sacha et la Team Rocket partent à la recherche de Ho-Oh dans les ruines des pyramides. Vers la fin de l'épisode, Sacha et son groupe d'amis remarquent un oiseau doré volant au loin dans le ciel, ceci rappelle à Sacha la première fois qu'il a vu Ho-Oh et ceci l'inspire à suivre sa direction comme dans le tout premier épisode.
Ho-Oh apparait aussi dans un flashback de l'épisode « Gardien de la flamme sacrée » ou on dit que Ho-Oh, afin de mettre fin à une terrible bataille lança ses flammes et brûla toute la région détruite par la guerre ce qui redonna vie à toute la région. Une de ses flammes fût gardée précieusement dans cet endroit.
Finalement, Mew se transforme en Ho-Oh dans le film « Lucario et le mystère de Mew ».
Celebi :
Bien que Celebi fasse partie des Pokémon légendaires de la deuxième génération, il ne fait aucune apparition dans l'animé durant les épisodes consacrés à Johto. La première apparition de Celebi dans l'animé est notée durant l'épisode : Celebi le gardien de la forêt de la saison 9 durant lequel, nos héros et un Pokémon Ranger partent au secours de Celebi, d'abord blessé ensuite capturé par la Team Rocket.
Celebi apparait aussi dans les délires de James dans l'épisode « Qui vole un œuf…vole un bœuf ! » où le sbire de la Team Rocket l'imagine sortir d'un œuf. Dans l'épisode spécial « Voyage dans le temps », Celebi fait revenir Richie dans le temps afin que celui-ci change le cours de l'histoire.
Celebi est également le protagoniste du film Celebi, la voix de la forêt. Il tient aussi un rôle important dans le film Zoroark, le Maitre des Illusions.